Is-Segretarjat jagħmel pastorali fl-iskejjel tal-Knisja b’akkumpanjament mal-istudenti, mal-edukaturi, mal-istaff, mal-ġenituri u mas-saċerdoti, lay chaplains u pastoral coordinators involuti. Isir ukoll akkumpanjament pastorali mat-tfal bil-bżonnijiet speċjali.